Absents de la seconde journée d'essais, les quatre pilotes Honda étaient de retour en piste ce matin et Casey Stoner (Repsol Honda) a très vite établi un nouveau temps de référence en 2'00.473. Le Champion du Monde en titre travaille notamment sur la consommation de carburant, un aspect crucial sur les nouveaux prototypes 1000cc.
Jorge Lorenzo se maintient quant à lui en seconde position et n'est qu'à quatre dixièmes de seconde de l'Australien. L'Espagnol a chuté juste avant la mi-journée mais a pu rentrer au garage Yamaha Factory sans problème, tout comme son coéquipier Ben Spies qui était tombé un peu plus tôt, avant de repartir en piste pour signer le cinquième temps.
Dani Pedrosa a gagné neuf dixièmes de seconde pour son retour sur le tracé malaisien et était à six dixièmes de Stoner à l'heure de la pause déjeuner. Andrea Dovizioso se montre quant à lui de plus en plus à l'aise sur la M1 du team Monster Yamaha Tech3 et s'est hissé à la quatrième place, à seulement deux dixièmes de Pedrosa.
Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech3) est quant à lui sixième, juste devant Valentino Rossi, qui continue de progresser et qui récupère le statut de premier pilote Ducati. Son coéquipier Nicky Hayden était lui aussi en piste ce matin et est à moins d'un dixième de l'Italien.
Dixième derrière son compatriote Héctor Barberá (Pramac Racing), Álvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini) a chuté ce matin mais devrait continuer ses essais cet après-midi.