L'Espagnol, parti de la première ligne pour la 9e fois en autant de course sur ce circuit de Losail, avait déjà quatre victoires à son actif au Qatar, mais aucune jusqu'à présent dans la catégorie reine. Ce soir, il n'a d'abord pu conserver la tête de la course que trois tours avant que Stoner, vainqueur quatre fois ici en MotoGP, le passe pour créer assez vite un écart substantiel.
Roulant à une cadence très proche de son record du tour en piste qu'il détient depuis 2008, l'Australien faisait donner toute la puissance de sa Honda pour devancer Lorenzo de 1,6 seconde à mi-course puis plus de 2 secondes au 12e tour sur les 22 prévus.
Dani Pedrosa, le coéquipier de Stoner, relégué à la 7e place sur la grille a effectué un bon départ avant de rejoindre les deux hommes.
Au 12e tour, Stoner perdait l'arrière de sa moto et prenait son virage presque à l'équerre. Il cédait une demi-seconde dans l'affaire et voyait Lorenzo et Pedrosa revenir sur lui. En 4e et 5e position, les deux pilotes de l'écurie Tech3, Ben Crutchlow et Andrea Dovizioso, étaient inséparables, à 12 secondes néanmoins du trio de tête au 17e tour. Alors que la victoire de Stoner paraissait acquise, à quatre tours de la fin, l'Australien n'avait plus qu'une seconde d'avance sur Lorenzo qui était pressé par Pedrosa. Un tour plus tard, Lorenzo passait en tête et prenait rapidement plusieurs longueurs sur Stoner, incapable de résister également à son coéquipier espagnol qui s'installait en deuxième position à deux tours du drapeau à damiers.
L'Italien Valentino Rossi, triple vainqueur sur Yamaha, finissait à une anonyme 10e place sur sa Ducati, à cinq secondes de son coéquipier Nicky Hayden, classé en 6e position. Une sixième place longtemps occupée par l'Allemand Stefan Bradl (Honda), champion du monde 2011 en Moto2, qui a réussi ses débuts en MotoGP avec une belle 8e place. Enfin, l'Américain Colin Edwards, ancien coéquipier de Rossi chez Yamaha, terminait 12e et premier classé des CRT sur sa Suter-BMW.
1 Jorge Lorenzo (ESP) Yamaha Factory 42:44.21422
2 Dani Pedrosa (ESP) Honda HRC +00.85222
3 Casey Stoner (AUS) Honda HRC +02.90822
4 Cal Crutchlow (GBR) Monster Yamaha Tech 3 +17.11422
5 Andrea Dovizioso (ITA) Monster Yamaha Tech 3 +17.42022
6 Nicky Hayden (USA) Ducati MotoGP +28.41322
7 Alvaro Bautista (ESP) Honda Gresini +28.44622
8 Stefan Bradl (GER) Honda LCR +29.46422
9 Hector Barbera (ESP) Ducati Pramac +31.38422
10 Valentino Rossi (ITA) Ducati MotoGP +33.66522
11 Ben Spies (USA) Yamaha Factory +56.90722
12 Colin Edwards (USA) Forward Racing +58.08822
13 Randy de Puniet (FRA) Power Electronics Aspar +01:10.65022
14 Yonny Hernandez (COL) Avintia Racing MotoGP +01:15.94322
15 Aleix Espargaro (ESP) Power Electronics Aspar +01:26.73322
16 Ivan Silva (ESP) Avintia Racing MotoGP +01:43.32722
17 Mattia Pasini (ITA) Speed Master +01:47.41922
18 James Ellison (GBR) Paul Bird Motorsport +01:51.88222
19 Michele Pirro (ITA) Honda Gresini 15
20 Danilo Petrucci (ITA) Ioda Racing Project +01:14.215
21 Karel Abraham (CZE) Ducati Cardion AB 7